Najstarsza wzmianka o wsi pochodzi z dokumentu księcia kujawskiego i łęczyckiego Kazimierza I z 1250 roku, zwalniającego wsie należące do biskupstwa włocławskiego, wśród nich Brudnic, z ciężarów prawa książęcego. Prawo własności Brudni, jako jednej z wielu wsi należących do biskupstwa włocławskiego, zostało potwierdzone w bulli protekcyjnej papieża Aleksandra IV w 1259 roku. W 1356 roku wieś została lokowana na prawie niemieckim przez biskupa włocławskiego Macieja z Gołańczy. Brudnia należała do dóbr stołowych biskupstwa włocławskiego przez prawie 600 lat, do chwili sekularyzacji dóbr kościelnych w 1796 roku, kiedy przeszła na własność państwa pruskiego.
W średniowieczu Brudnia należała początkowo do klucza parchańskiego, a następnie do klucza raciąskie-go dóbr biskupstwa włocławskiego. W 1489 roku we wsi znajdowało się 10 łanów ziemi chłopskiej, 17 łanów opuszczonych (desertów), 3 łany sołtysie i folwark biskupi. Istniały także 3 karczmy. W latach 1510-1511 dochody z poradlnego z 5,5 łanu ziemi w Brudni czerpało starostwo inowrocławskie. Około 1527 roku wieś płaciła staroście raciąskiemu 20 grzywien.
Z wizytacji przeprowadzonej w 1534 roku wynika, że wieś zamieszkiwało 14 chłopów. Znajdowało się 11 łanów ziemi uprawnej oraz 6 opuszczonej, z których chłopi płacili czynsz oraz składali daninę w naturze biskupowi włocławskiemu. Odrabiali także pańszczyznę w wymiarze 1 dnia w tygodniu oraz zobowiązani byli dawać podwody. We wsi znajdował się sołtys, posiadający 3 łany, zobowiązany do służb według przywileju sołtysiego i płacenia czynszu. Raz w roku przygotowywano obiad dla starosty raciąskie-go. We wsi były 2 karczmy. Niegdyś był folwark, z którego pozostało 6 łanów uprawianych przez kmieci z korzyściami płynącymi dla folwarku w Par-chaniu. Wieś płaciła dziesięcinę biskupowi włocławskiemu w wysokości 17 florenów 18 groszy.
W 1582 roku pleban posiadał 1,25 włóki ziemi, dwóch sołtysów - 1,25 włóki. Poza tym było 12 włók chłopskich i 5 opuszczonych. 12 kmieci z uprawianej ziemi płaciło czynsz i składało daninę w naturze staroście raciąskiemu. Chłopi odrabiali 3 dni pańszczyzny w tygodniu na folwarku w Wonorzu.
Z wizytacji z 1604 roku wynika, że wieś zamieszkiwało 13 chłopów posiadających po 1,25 włóki ziemi. Sołtys miał 1,5 włóki, karczmarz - 1,25 włóki, pleban - 1,25 włóki. Chłopi korzystali z pastwisk w Przybysławiu. W 1604 roku wykupili dziesięcinę biskupią za 150 florenów. Właściciel Modliborzyc.
R. Osiecki wykorzystywał kmieci z Brudni do posług w swojej majętności. Nasyłał również parobków, którzy wyrządzali szkody w chłopskich gospodarstwach. We wsi niegdyś byli kowale i szewcy, ale wyemigrowali z uwagi na wysokie podatki.
Według wizytacji w 1615 roku wieś zamieszkiwało 11 chłopów. Kmiecie byli wykorzystywani przez starostę raciąskiego do pracy na folwarku. Wizytatorzy biskupi odnotowali, że chłopi zamiast uczęszczać do kościoła, uczestniczyli w zebraniach określonych jako gromady. O celu i charakterze tych zgromadzeń brak szczegółowych informacji.
Od XIV do XVIII wieku wieś należała do województwa inowrocławskiego. W latach 1655-1660 szkody wyrządziła wojna polsko-szwedzka. Zniszczenia gospodarcze spowodowane zostały również przez wojnę północną z lat 1700-1721.
W wyniku I rozbioru Polski wieś przeszła w 1772 roku pod panowanie pruskie. W 1779 roku mieszkało 480 katolików i 12 protestantów. W latach 1807-1815 wieś znajdowała się w Księstwie Warszawskim. W 1815 roku powróciła do Prus. Około 1880 roku we wsi znajdowało się 17 chałup, w których mieszkało 247 osób, w tym 207 katolików i 40 ewangelików. W 1905 roku zamieszkiwały 303 osoby. Na początku XX wieku rząd pruski wydzielił okręg łowiecki o powierzchni 675 ha.
Około 1884 roku powstało Kółko Rolnicze, założone przez księdza Marcelego Gantkowskiego. Kółko organizowało m.in. lustracje okolicznych gospodarstw. W okresie międzwojennym prezesem kółka został Władysław Kosiak z Zagajewiczek. W 1929 roku liczyło 38 członków.
W okresie zaborów we wsi istniała szkoła katolicka. Nauka religii prowadzona była w jęzku niemieckim, czemu sprzeciwili się rodzice uczniów, jako pierwsi w powiecie inowrocławskim.
W 1919 roku wieś znalazła się w granicach II Rzeczypospolitej. W latach 20. XX wieku zajmowała obszar 153 ha. W 1931 roku wieś zamieszkiwało 270 osób. W 1933 roku odbył się wiec protestacyjny przeciw roszczeniom Niemiec wobec Polski. W 1933 roku wieś weszła w skład gminy obwodowej Dąbrowa Biskupia. W 1935 roku powstało Kółko Włościanek, którego prezeską była T. Kosiakowa z Zagajewiczek.
W latach 1939-1945 Brudnia znajdowała się pod okupacją hitlerowską. W 1944 roku hitlerowcy zamordowali mieszkańca wsi, którego pochowano na miejscowym cmentarzu. Brudnia została wyzwolona w styczniu 1945 roku.
Folwark plebański od 1914 roku był dzierżawiony przez Bronisława Zielińskiego. W czasie II wojny światowej należał do Niemców - Mellera i Reweniu-sa. W 1945 roku przeszedł na własność Skarbu Państwa Polskiego.
Źródło: Gmina Dąbrowa Biskupia / Historia i współczesność / Informator / autor: Katarzyna Hewner